Butterfly er en karakterdrevet spionthriller, der dykker ned i komplekse familierelationer midt i den farlige og uigennemskuelige verden af international efterretning. Serien følger David Jung (spillet af Kim), en gådefuld og uforudsigelig tidligere amerikansk efterretningsagent, der nu lever et tilbagetrukket liv i Sydkorea. Men fortiden indhenter ham, da en umulig beslutning han traf for længe siden, får skæbnesvangre konsekvenser. David bliver pludselig jagtet af Rebecca (Hardesty) – en ung, sociopatisk snigmorder med dødelige evner – og den mørke organisation Caddis, som hun arbejder for.