Den unge kardinal, Lenny Belardo (Jude Law), bliver udnævnt til pave og leder af den katolske kirke, da en række sammensværgelser fra de førende kandidater til positionen mislykkes. Han tager navnet Pius XIII og kommer i dén grad til at udfordre Vatikanets etablerede traditioner og praksis. Blandt andet udnævner han søster Mary (Diane Keaton), til hovedrådgiver. Søster Mary er nonne og har opforstret Lenny på et børnehjem, og Lenny er nu drevet af et ønske om at konfrontere sine forældre, der opgav ham som dreng. The Young Pope er skabt af den Oscar-vindende instruktør, Paolo Sorrentino.