Scooby-Doo, Shaggy og resten af slænget står overfor det hidtil mest komplicerede mysterium – de skal befri spøgelseshunden Cerberus og stoppe en global “hundeapokalypse”. Midt i strabadserne går det op for dem, at Scooby-Dos skæbne er helt anderledes og mere storslået, end de nogensinde havde forestillet sig.